سیستم فایل در لینوکس ساختاری است که نحوه ذخیره‌سازی و بازیابی داده‌ها روی دیسک یا دیگر دستگاه‌های ذخیره‌سازی را تعیین می‌کند. سیستم فایل‌های معروف در لینوکس شامل ext4، XFS و Btrfs هستند که هرکدام ویژگی‌های خاصی مانند پشتیبانی از حجم‌های بزرگتر، نسخه‌بندی فایل‌ها و رمزنگاری داده‌ها را ارائه می‌دهند. لینوکس از یک ساختار سلسله‌مراتبی (درختی) برای مدیریت فایل‌ها استفاده می‌کند که همه چیز، از فایل‌ها گرفته تا دستگاه‌ها، به‌عنوان فایل نمایش داده می‌شود.